Program studi  Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP) menawarkan program magister dan program doktor. Program  magister PEP Universitas Negeri Yogyakarta (UNY)  diselenggarakan sejak tahun akademik 1981/1982 atas dukungan dari The Ford Foundation. Dalam penyiapan pembukaan Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), The Ford Foundation memberi bantuan dana untuk dua orang tenga pengajar dari USA, yaitu Dr. Gary L. Theissen dari the University of Iowa, dan Dr. F.X.R. Fernandez dari the University of Michigan untuk periode 3 tahun pertama. Pada periode   berikutnya, tahun 1985 sampai dengan tahun 1987, tenaga dosen yang diperbantukan adalah Dr. Loxley. Priode 1984 hingga 1986, Pascasarjana IKIP Yogyakarta mengadakan kerjasama dengan the University of Iowa dalam hal tukar menukar dosen.

Dalam rangka menyiapkan tenaga pengajar di program studi PEP, pada tahun 1983 dan 1984, empat orang dosen IKIP Yogyakarta dikirim ke Amerika Serikat untuk belajar penelitian, asesmen, dan evaluasi pendidikan, yaitu Suyata, Mulyani Nurhadi, Zamroni, dan Djemari Mardapi. Pada tahun 1988, semua dosen yang ditugaskan  belajar di luar negeri telah selesai studi dan bertugas mengajar di Program Studi PEP Program Pascasarjana IKIP Yogyakarta. 

Pada awalnya program studi ini  merupakan Kelompok Pengumpul Kredit (KPK)  dari IKIP Jakarta yang  sekarang bernama Universitas Negeri Jakarta. Namun sejak tahun 1994 pogram studi magister PEP menjadi salah satu program studi Program Pascasarjana  IKIP Yogyakarta yang mandiri berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud, nomor 432/DIKTI/Kep/1992 tanggal 16 Juni 1993. Berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud Nomor: 432/DIKTI/Kep/1993 tanggal 16 Juni 1993 disahkan berdirinya Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan Pascasarjana IKIP Yogyakarta secara mandiri.